１項目１ページで、１０００ページくらいの分類を行い、辞書のように五十音で引けるようにしたいのですが、どのようなソフトがいいでしょうか？
カード型データベースソフトが最適です。カード型データベースは、図書館の蔵書目録のように、１ページごとに情報を記録します。一つのページを「レコード」といい、その中の項目を「フィールド」といいます。情報を入力する前に、まずフィールドを決めます。ご質問の例だと、最低限「項目名」「項目名のふりがな」「本文」の３項目（フィールド）を作りましょう。フィールドの大きさを変えることができるので、本文のスペースを大きくしてください。
入力は、五十音順でなくてかまいません。データを入力（追加）した後「ふりがな」に対して「ソート」（並べ替え）を行うと、五十音順に並び変わります。また、並べ替えておかなくても「検索」機能を使えば、いつでも見たいデータを探せます。